Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015

Ana Oliva-Castillo, Dalia Lau-Bonilla

Resumen


El genoma del VIH contiene nueve genes, tres de estos genes (gag, pol y env)codifican proteínas estructurales. Existen dos variantes principales de este virus, VIH-1y VIH-2. El primero es el causante de la mayoría de las infecciones a nivel mundial,actualmente se han identificado nueve subtipos de VIH-1 y 58 formas recombinantescirculantes (FRC). En Centroamérica, el subtipo B del VIH-1 es el causante de lamayoría de los casos de VIH positivo; en Guatemala se ha reportado la presencia desubtipo B, de formas recombinantes BF1 y del subtipo C; sin embargo, actualmenteno existen análisis filogenéticos que indiquen las variantes de este subtipo. Debido a loanterior, el objetivo del estudio fue llevar a cabo la subtipificación de 400 secuencias dela región pol del VIH-1 obtenidas de 400 pacientes VIH-1 positivos, en una clínica deatención integral de Guatemala del 2010 al 2015. Para determinar los distintos subtiposde VIH-1 presentes en Guatemala se realizó la subtipificación de las secuencias obtenidaspor la prueba de genotipo en formato FASTA, con la herramienta REGA HIV-1Subtyping Tool Version 3.0. Con el fin de determinar la relación entre las variantesde VIH-1, se realizó un alineamiento de secuencias y árboles filogenéticos utilizandoel método Neighbor Joining y Máxima Verosimilitud con 100 réplicas bootstrap, conel programa MEGA 7.0.21. Se determinó que el subtipo con mayor frecuencia de lassecuencias analizadas es el subtipo B con un (71.5 %), seguido de la forma recombinanteBD (16.75 %) y el subtipo B-like (7.75 %).

Palabras clave


VIH; VIH-1; subtipificación; subtipo B

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